در سال­های اخیر با روشن­شدن اهمیت ریزRNAها در فرآیندهای حیاتی بدن موجودات زنده، شناسایی ژن­های ریزRNA اهمیت زیادی پیدا کرده­است از سویی دیگر روش­های بیوانفورماتیکی نیز گسترش یافته و سبب شده تا روند شناسایی ریزRNAها با سرعت بیشتر و هزینه­ی کمتری پیش برود. تحقیقات در سال­های اخیر بر روی گونه­های زیادی از جمله انسان و موش و همچنین حیوانات اهلی از قبیل گاو و بز و مرغ باعث­شده تا در این گونه­ها ریزRNAهای زیادی گزارش شود با این حال در گونه­ی گوسفند هنوز اطلاعات نسبتا کمی وجود ­دارد. در این مطالعه پس از پیش­بینی ریزRNAهای کروموزوم 20 گوسفند، جهت تایید با اورتولوگ­ها در سایر گونه­ها مقایسه و در نهایت برای بررسی بیان از داده­های ترنسکریپتوم گوسفند استفاده شد همچنین در این تحقیق برای ارزیابی روش مورد استفاده از داده­های شاهد مثبت استفاده شد. با استفاده از این روش در کل 400 ریز RNA و از این تعداد 81 ریزRNA جدید در کروموزوم 20 گوسفند پیش­بینی شدند. بررسی ترنسکریپتوم نشان داد که از این تعداد 33 ریزRNA فقط در بافت عضله، 10 ریزRNA فقط در بافت کبد، 35 ریزRNA در هر دو بافت کبد و ماهیچه و 3 ریزRNA نیز در مخلوط بافت­های قلب، کلیه، مغز، تخمدان، پوست، چربی سفید و ریه بیان شدند. مقایسه با پایگاه داده miRbase مشخص کرد که تعداد 64 ریزRNA از ریزRNAهای پیدا شده برای اولین بار گزارش شدند. حساسیت و دقت انتخاب این روش برابر 67 و 95 درصد ارزیابی شد و از این رو می­توان گفت این روش می­تواند به عنوان مکمل روش­های پیش­بینی ریزRNA اطلاعات ارزشمندی را فراهم کند. از این روش می توان برای پیش بینی ریزRNAها در سایر کروموزوم های گوسفند و یا در سایر پستانداران استفاده نمود.

این آزمایش به منظور بررسی و شناسایی تفاوت‌های ژنتیکی و مسیرهای متابولیکی مرتبط با میتوکندری بین توده مرغ بومی اصفهان و یک سویه جوجه تجاری راس 708 با سرعت رشدهای متفاوت، انجام شد. بدین منظور از روش توالی‌یابی RNA-seq با استفاده از چهار نمونه ماهیچه سینه 28 روزگی استفاده شد. مقایسه آماری بیان ژن‌های توالی‌یابی شده در مرغ بومی و جوجه تجاری، 606 ژن با تفاوت معنی‌دار را مشخص نمود و از این تعداد 249 ژن در مرغ بومی و 357 ژن در جوجه تجاری افزایش بیان داشتند. بر اساس نتایج بیان ژن‌ها در مرغ بومی، فاکتور رونویسی FoxO3 موجب فعال شدن مسیر آتروفی لیگازهای یوبیکویتینی E3 و افزایش شکست پروتئین و در نتیجه کاهش حجم ماهیچه اسکلتی در مقایسه با جوجه تجاری شده است. هیپوکسی و تنظیم فرآیند متابولیکی گونه‌های اکسیژن فعال (ROS) از مهم‌ترین فرآیندهای بیولوژیکی فعال در مرغ بومی بودند. بررسی و مقایسه ژن‌های مرتبط با پروتئوم میتوکندریایی نشان داد در این مرغ تغییرات معنی‌داری در بیان بسیاری از پروتئین‌های وابسته به رشد و تنظیم‌کننده رونویسی وجود دارد. این تغییرات نشان‌دهنده برنامه سازگاری پیچیده‌ای است که شکست پروتئین را تسهیل نموده و سوخت گلوکز در ماهیچه را کاهش می‌دهد. این مسیرهای متابولیسمی در جهت کاستن سطح نیازمندی‌های مرغ بومی به گونه‌ای تکامل یافته‌اند تا توان این مرغ را در غلبه بر شرایط و تنش‌های محیطی و تحمل کمبودهای غذایی تقویت نمایند.

تعداد بیست و هشت رأس بره ماده بلوچی با میانگین سن 3/2 ± 9/14 هفته و وزن 6/4 ± 3/26 کیلوگرم از جیره‌های با یا بدون پیه، بر پایه دانه ذرت یا جو، در قالب طرح کاملا تصادفی به روش فاکتوریل 2×2 به مدت 9 هفته تغذیه شدند. مصرف جیره‌های آزمایشی اثری بر میانگین خوراک مصرفی بره‌ها نداشت، اگرچه افزایش وزن روزانه و بازدهی خوراک در هفته‌های 4 تا 8، تحت تأثیر اثر تداخل چربی × غله قرار گرفت و در تیمار لیپوژنیک-ذرت بالاترین مقدار بود. افزودن پیه به جیره، به ترتیب سبب افزایش و کاهش غلظت کلسترول و گلوکز سرم بره‌ها در طول دوره آزمایش شد. درحالی‌که، غلظت انسولین و نسبت گلوکز: انسولین، تحت تأثیر اثر غله قرار گرفته، در تیمارهای جو در مقایسه با ذرت، به ترتیب افزایش و کاهش یافت. در بره‌های تغذیه شده با جیره‌های لیپوژنیک در مقایسه با جیره‌های گلوکوژنیک، غلظت پایه گلوکز کاهش و غلظت پایه کلسترول و آسپارتات آمینوترانسفراز افزایش یافت. ازطرفی، غلظت پایه اسیدهای چرب استریفیه نشده سرم و شاخص کمی حساسیت انسولینی تحت تأثیر اثر تداخل چربی × غله قرار گرفته و شاخص حساسیت انسولینی به طور معنی‌دار با بازدهی خوراک همبستگی مثبت نشان داد. به نظر می رسد غلظت چربی و کمیت و ماهیت منبع نشاسته‌ای جیره، عواملی هستند که می‌توانند بر فراسنجه‌های حساسیت انسولینی نشخوارکنندگان اثرگذار باشند. همچنین، به نظر می‌رسد جیره‌هایی که نسبت مطلوبی از چربی و نشاسته را فراهم کنند، بتوانند سبب بهبود بازدهی و وضعیت انرژی حیوان شوند.

زمینه مطالعاتی: کشور ایران جزء یکی از محدود مناطقی است که کشاورزی و اهلی شدن حیوانات توسط انسان­های اولیه در آن اتفاق افتاده است و در نتیجه باعث شده است که ایران دارای ذخایر ژنتیکی ارزشمندی در حیوانات اهلی باشد. از طرفی ایران با داشتن بیش از 27 نژاد گوسفند اهلی به همراه 5 زیرگونه گوسفند وحشی، دارای ذخیره ژنتیکی با تنوع کم نظیری در دنیا می باشد. هدف: هدف از انجام این تحقیق توالی­یابی ناحیه HVR-III از ژنوم میتوکندری گوسفندان اهلی نژاد مغانی، لری­بختیاری، سنگسری، بلوچی، کرمانی، شال، قره­گل و کردی به منظور بررسی ارتباط فیلوژنیک بین نژادهای مذکور و همچنین مقایسه با هاپلوتایپ­های شاخص شناسایی شده گوسفند اهلی می­باشد. روش کار: برای این منظور تعداد 80 نمونه خون جمع‌آوری و پس از استخراج DNA، ناحیه موردنظر توسط پرایمرهای اختصاصی به روش PCR تکثیر و سپس توالی­یابی شدند. نتایج: با تجزیه و تحلیل داده­های حاصل از تعیین توالی و مقایسه توالی HVR-III گوسفندان ایرانی با یکدیگر و با توالی ناحیه مشابه از ژنوم گوسفندان سایر نژاد­ها، مشخص شد که علیرغم تنوع فنوتیپی قابل توجه در بین نژاد­های مورد مطالعه، این نژاد­ها همگی متعلق به گروه هاپلوتایپی A می­باشد. این امر ممکن است به دلیل نزدیکی جغرافیایی مکان زیستی آن ها و یا به دلیل روش خاص زندگی عشایر باشد که انتظار می رود نژاد­های متنوع امروزی ایران از توده های محدودی با تنوع نسبتا کم مشتق شده باشند. نتیجه گیری نهایی: نتیجه گیری کامل تر نیازمند مطالعه بخش­های بزرگتری از DNA میتوگندری و همچنین بر روی تعداد بیشتر نمونه از نژادهای اهلی به همراه مطالعه تنوع نژادهای وحشی گوسفند ایران است.

مقدمه: scFv ها، فرم هایی از آنتی بادی های نوترکیب می باشند که با استفاده از روش های پیشرفته بیولوژی مولکولی و مهندسی ژنتیک ساخته می شوند. همچنین آنتی ژن HER2 هدف مناسبی برای طیف گسترده ای از سرطان ها می باشد. مطالعه حاضر با هدف جداسازی scFv آنتی بادی های اختصاصی انجام شد. روش‌کار: به منظور جداسازی قطعات scFv های اختصاصی علیه قسمت خارج سلولی HER2 کوت شده در ایمونوتیوب، تکنولوژی نمایش فاژی با استفاده از کتابخانه فاژی صورت گرفت. scFv آنتی بادی های به دست آمده در سویه TG1 از باکتری اشرشیاکلی بیان شدند. محصولات نوترکیب با استفاده از ستون های کروماتوگرافی تمایلی بر علیه His-tag خالص سازی شدند. خصوصیات اتصالی قطعات scFv به دست آمده علیه آنتی ژن HER2 با استفاده از آزمون های وسترن بلات، بیوسنسوری و فلوسایتومتری بررسی شدند. یافته‌ها: پس از سه مرحله گزینش علیه آنتی ژن HER2، سه کلون scFv به دست آمد که نتایج توالی یابی DNA اختصاصیت آنها را تأیید نمود. نتایج بررسی کنتیکی بیوسنسور نشان داد که همه scFv آنتی بادی های جدا شده علیه قسمت خارج سلولی آنتی ژن HER2 تمایل اتصال با اپی توپ های شناخته شده بر روی سطح آنتی ژن را در دامنه مایکرومولار تا نانومولار دارند. نتایج وسترن بلات و فلوسایتومتری نیز اختصاصیت میل اتصال scFv ها با آنتی ژن HER2 را اثبات کردند. نتیجه‌گیری: تکنیک نمایش فاژی یک ابزار قدرتمند برای جداسازی scFv آنتی بادی های متصل شونده اختصاصی با گیرنده HER2 است که به عنوان آنتی ژن سطحی سرطان پستان شناخته می شود.

در این مطالعه چندشکلی 4 جایگاه میکروساتلایت ای BMS1915،BMS1350، LGBو ILSTS45 به منظور تعیین سطح تنوع در جمعیت گوسفندان بلوچی مورد بررسی قرار گرفت. نمونه خون از 185 گوسفند نژادبلوچی واقع در ایستگاه اصلاح نژاد عباس آباد مشهد تهیه شد. استخراج DNA با روش گوانیدین تیوسیانات - سیلیکاژل انجام شد. قطعات ژنی مربوط به جایگاه های میکروساتلایت ای با استفاده از واکنش های زنجیره ای پلی مراز و براساس روش استاندارد تکثیر شدند. محصولات واکنش PCR با استفاده از ژل پلی آکریل آمید 8% و رنگ آمیزی با روش نیترات نقره مورد بررسی قرار گرفت. اندازه آلل ها با استفاده از نرم افزار Photo-Capt خوانده شدند. انحراف از تعادل هاردی- واینبرگ در هیچ کدام از جایگاه های مورد مطالعه مشاهده نشد. (005/0>(P. آلل E در جایگاه BMS1915 با فروانی 53/0، آللD در جایگاهBMS1350 با فراوانی 71/0، آلل B در جایگاه LGB با فراوانی 78/0و آلل A در جایگاه ILSTS45 با فراوانی 91/0دارای بیشترین فراوانی بودند. دامنه هتروزیگوسیتی از 83/0 در جایگاه LGB تا 91/0 در جایگاه BMS1350 متغییر بود. بیشترین مقدار شاخص شانون، 05/2 مربوط به جایگاه BMS1350 و کمترین مقدار، 65/1 مربوط به جایگاه LGB بود. با توجه به نتایج به دست آمده از این پژوهش و سایر پژوهش هایی که بر روی این نژاد انجام شده است می توان بیان کرد که با وجود انجام فعالیت های اصلاح نژادی در سال های گذشته، جمعیت گوسفندان بلوچی مورد بررسی، از تنوع ژنتیکی بالایی برخوردار هستند.

هدف از این پژوهش بررسی تنوع ژنتیکی اسب اصیل ترکمن ایران با استفاده نشانگرهای ریزماهواره بود. تعداد 51 نمونه خون از اسب‌های اصیل ترکمن در منطقه راز و جرگلان در خراسان شمالی جمع آوری شد. DNA ژنومی استخراج، سپس واکنش زنجیره ای پلیمراز برای تکثیر قطعات چهار جایگاه ریزماهواره (HMS02، HMS03، HMS07 و AHT04) با استفاده از جفت آغازگر‌های اختصاصی به صورت استاندارد انجام شد سپس محصولات واکنش زنجیره‌ای پلیمراز چهار جایگاه بر روی ژل اکریل آمید 8 درصد الکتروفورز و رنگ‌آمیزی شدند. نتایج این تحقیق نشان داد که تعداد آلل های چهار جایگاه مورد مطالعه از 9 تا 12 آلل متغیر بودند که بیشترین تعداد آلل در جایگاه ژنی HMS02 (12 آلل) و کمترین تعداد آلل در جایگاه ژنی HMS07(9آلل) مشاهده ‌شد. بیشترین مقدار هتروزیگوسیتی(8847/0) در جایگاه HMS02 و کمترین مقدار این معیار (8039/0) در جایگاه HMS03 مشاهده شد. بیشترین مقدار اطلاعات چند شکلی PIC (86/0) مربوط به جایگاه (HMS07) و کمترین مقدار این معیار (77/0) مربوط به جایگاه HMS03 بود. بیشترین و کمترین مقدار شاخص شانون (2617/2 و 0532/2 ) نیز به ترتیب در جایگاه‌های ژنیHMS07 و AHT04 برآورد گردید. نتایج نشان دادند که 4 جایگاه ریزماهواره مطالعه شده چند شکلی بالایی دارند و می‌توانند به عنوان نشانگر ملکولی مناسبی در مطالعات ژنتیکی مورد استفاده قرار گیرند.

مطالعه مولکولی ساختار ژنتیکی گاو در جهت شناخت دقیق تر خاستگاه این حیوان می‌تواند در شناخت جنبه‌های نامشخص تاریخی آن موثر باشد. نژادهای گاو به دو گروه اصلی تائورس بدون کوهان (Bos Tuarus) و ایندیکوس کوهان دار (Bos indicus) تقسیم می شوند. به نظر می رسد هر دو گروه گاوههای ذکر شده در جمعیت گاو های ایران موجود می باشند. با مطالعات ملکولی می توان وابستگی گاوها را به هر یک از این گروه ها مشخص نمود. شناخت این وابستگی از نظر خاستگاه آن ها دارای اهمیت خاصی است. هدف از این مطالعه بررسی توالی نوکلئوتیدی جایگاه‌های ژنی Cytochrome-b و HVR 1&2 ناحیه ژنی D-loop در DNA میتوکندریایی در سه گروه ازگاوهای سیستانی، سرابی و براون‌سوئیس بود. استخراج DNA از تعداد 20 نمونه خون از هر نژاد از بانک خون گروه علوم دامی دانشکده کشاورزی دانشگاه فردوسی مشهد با در نظر گرفتن عدم خویشاوندی بین نمونه ها گرفته و DNA آن ها به روش گوانیدین تیوسیانات- سیلیکاژل استخراج شد. واکنش زنجیره ای پلیمراز با طراحی پرایمرهای اختصاصی برای تکثیر قطعات 701 و 751 جفت بازی نواحی ژنی HVR 1&2وCyt-b از توالی ژنوم میتوکندری براساس روش استاندارد انجام گردید. توالی یابی نواحی تکثیر شده از ژن های Cyt-b و D-loop با استفاده از دستگاه خودکار (ABI 3130) به روش سانگر صورت گرفت. تنوع نوکلئوتیدی به ترتیب برای نژادهای براون سوئیس، سرابی و سیستانی حدود 0037/0، 0024/0 و 0029/0 برآورد شد. با توجه به مشاهده تفاوت های نوکلئوتیدی در نواحی ژنی Cyt-b و HVR 1&2 نسبت به ثبت آنها در ژن بانک جهانی اقدام شد. نتایج آزمون فیلوژنتیکی با استفاده از UPGMA برای هر دو جایگاه ژنی نشان داد که گاوههای سرابی و سیستانی در یک گروه و گاو نژاد براون سوئیس در گروه دیگر قرار دارند.

در این آزمایش ژن های کاندیدای کالپاستاتین، کالپین و بتالاکتوگلوبولین که در صفات مهم اقتصادی نظیر تولید شیر، کیفیت و کمیت گوشت و صفات رشد نقش دارند در گوسفند کردی بررسی شد. از تعداد 100 گوسفند ایستگاه اصلاح نژاد گوسفند کردی واقع در شیروان بطور تصادفی خونگیری بعمل آمد. استخراج DNA از خون و واکنش زنجیره پلی مراز (PCR) جهت تکثیر ناحیه چند شکل ژن های کالپاستاتین،کالپین و بتا لاکتوگلوبولین انجام گرفت. واکنش های هضم آنزیمی قطعات تکثیر شده ژنهای کالپاستاتین و بتا لاکتوگلوبولین بترتیب بوسیله آنزیمهای محدودگرNcoI و RsaI انجام گردید. فراوانی آللهای M و N ژن کالپاستاتین در این نژاد بترتیب 88/0 و 12/0 و برای آللهای A وB ژن بتا لاکتوگلوبولین بترتیب 51/0 و 49/0 بدست آمد. برای بررسی چند شکلی های تک نوکلئوتیدی ژن کالپین از روش SSCP استفاده شد و فراوانی آللهای a وb به ترتیب 96/0 و 04/0 بود. آزمون 2χ تعادل هاردی - واینبرگ را برای هر سه جایگاه ژنی کالپاستاتین و بتالاکتوگلوبولین و کالپین در جمعیت مورد مطالعه نشان داد. متوسط هتروزیگوسیتی برای جایگاه های ژنی کالپاستاتین، کالپین و بتا لاکتوگلوبولین بترتیب 21/0، 08/0 و 50/0 به دست آمد