为构建塞内卡病毒(Senecavirus A)CH/ZZ/2016株的感染性克隆,采用RT-PCR技术分3个cDNA片段对SVA/CH/ZZ/2016株全基因组进行扩增,并克隆至pcDNA3.1(+)真核表达质粒中.获得重组质粒pSVA-CH/ZZ经NheⅠ、KpnⅠ酶切及测序鉴定后,转染BHK-21细胞并转至PK-15细胞上进行盲传,直至出现细胞病变(CPE).对出现CPE的细胞上清液进行RT-PCR扩增、酶切、测序、间接免疫荧光试验鉴定.结果显示,成功构建了含SVA全长cDNA克隆的重组质粒,转染BHK-21细胞经PK-15细胞盲传至F5代出现SVA的典型CPE.细胞上清液经RT-PCR扩增、酶切、测序结果表明拯救病毒含有不同于亲本病毒的分子标记.间接免疫荧光试验进一步表明拯救了SVA病毒.病毒蚀斑形成和生长曲线表明,拯救毒株和亲本毒株的复制能力及增殖特性相似.本研究构建的CH/ZZ/2016株感染性克隆为进一步研究SVA的致病机理、基因功能及疫苗的研发奠定基础.

为建立犬腺病毒(CAV)和犬细小病毒(CPV)双重荧光定量PCR检测方法,本研究根据GenBank中已登录的CAV Hexon基因序列和CPV VP2基因序列,设计了2对特异性引物和2条TaqMan探针.经过条件优化建立了检测CAV和CPV的双重TaqMan荧光定量PCR检测方法.结果 显示,以含有CAV Hexon基因和CPV VP2基因的重组质粒标准品为模板绘制标准曲线,其相关系数(R2)均大于0.990,CAV和CPV荧光定量PCR均具有良好的线性关系.特异性试验结果显示,该方法仅对CAV-Ⅰ型、CAV-Ⅱ型和CPV检测结果为阳性,而对犬瘟热病毒、犬副流感病毒和犬冠状病毒检测结果均为阴性,表明其特异性强.该方法的敏感性检测结果显示其检测下限为10拷贝/μL.重复性试验结果显示该方法的组内和组间变异系数均小于2％,表明该方法重复性好.利用普通PCR方法与本实验建立的方法分别对感染CAV(10份)和CPV(27份)的犬模拟病料样品进行检测,两种方法对CAV和CPV检测的符合率分别可达100％和96.30％.本研究建立的荧光定量PCR检测方法具有快速、敏感、准确等优点,可以用于CAV和CPV的临床检测.

为了解塞内卡病毒分离株SVA/CH/ZZ/2016全基因组序列,设计4对相互重叠的特异性引物扩增基因片段,将扩增产物分别克隆至pCE2TA/Blunt-Zero载体并进行测序,拼接校正后获得SVA/CH/ZZ/2016株全基因组.结果显示,该毒株基因组全长7292 bp,包括5'UTR(670 bp)、ORF(6546 bp)以及3'UTR(76 bp).选择国内外其他9株参考毒株序列,对编码区12个基因的核苷酸及编码氨基酸进行比对.结果显示,核苷酸同源性最高的是3B基因,最低的是VP1基因,其余基因的核苷酸序列同源性均在85.2％～100％之间.VP1基因遗传进化分析显示,SVA/CH/ZZ/2016株与美国分离株USAIL_Purdue_43_2016和USAIN_Purdue_3698_2016株亲缘关系最近,属同一进化分支,与原始毒株SVV-001株亲缘关系最远.对SVA/CH/ZZ/2016株和原始毒株SVV-001 VP1蛋白的氨基酸序列进行比对,发现共有10处氨基酸差异.本研究通过对SVA/CH/ZZ/2016株全基因组测序及分析,为进一步开展SVA分子生物学研究及流行病学调查提供了基础数据.

为建立一种塞内卡病毒实时荧光定量PCR方法,研究针对塞内卡病毒3C基因保守区域设计了一对引物和探针,将3C基因克隆到pCR-4 TOPO载体中,以重组质粒为标准品,通过优化PCR反应条件,建立了一种检测SVA的实时荧光定量PCR方法.结果表明,该检测方法的敏感性达到2.5×10 copies/μL,灵敏度高于普通PCR;与其他相关病毒及细菌均不发生交叉反应,批内和批间试验重复性的变异系数(CV)均小于4％,具有良好的稳定性.研究建立的一种塞内卡病毒实时荧光定量PCR方法可以检测SVA的定性和定量,对SVA快速诊断检测具有重要意义.

为对基因Ⅰ型和Ⅱ型牛病毒性腹泻病毒(BVDV)进行鉴别检测,本研究根据GenBank中已登录的基因Ⅰ型和Ⅱ型BVDV 5'非编码区(5'-UTR)的参考序列,设计了一对BVDV Ⅰ型和Ⅱ型通用引物和2条鉴别探针,建立了Ⅰ型和Ⅱ型BVDV双重TaqMan荧光定量PCR检测方法,并利用该检测方法进行临床样品检测.特异性试验结果显示,除Ⅰ型和Ⅱ型BVDV外,该方法对猪瘟、牛传染性鼻气管炎、口蹄疫病毒等均无扩增曲线.敏感性试验结果显示,该方法对Ⅰ型BVDV检测下限为10拷贝/μL,Ⅱ型BVDV检测下限为100拷贝/μL,敏感性高.重复性试验结果显示,该方法组内和组间变异系数均小于1％.临床样品检测结果显示,Ⅰ型和Ⅱ型BVDV双重TaqMan荧光定量PCR检测方法可鉴别Ⅰ型和Ⅱ型BVDV,检测结果与OIE认可的BVDV普通PCR扩增产物测序结果一致.本研究所建立的Ⅰ型和Ⅱ型BVDV双重TaqMan荧光定量PCR具有快速、准确、可鉴别等优点,可用于Ⅰ型和Ⅱ型BVDV的快速鉴别检测.